Taxonomic status of Atocion hypanicum (Klokov) Tzvelev (Caryophyllaceae) inferred from analysis of ITS1 and ITS2 secondary structure
DOI:
https://doi.org/10.14255/2308-9628/14.104/1Keywords:
Atocion hypanicum, A. сompactum, ITS1 and ITS2 secondary structure, taxonomic status.Abstract
Secondary structures of ITS1 and ITS2 transcripts of Atocion hypanicum (Klokov) Tzvelev and A. compactum (Fisch. ex Hornem.) Tzvelev were reconstructed. The presence of a unique nucleotide substitution in fourth helix of A. hypanicum ITS1 transcript, which lead to a disturbance in the secondary structure of the helix, strongly supported it as a separate operational taxonomic unit. The lack of CBC in obtained sequences of ITS2 from A. hypanicum and A. compactum confirmed the absence of genetic barriers for the taxa crossing. Phenotypical distinctions between A. hypanicum and A. compactum from Caucasus associated with bracts and the morphology of the uppermost leaves are demonstrated. The separate species status of A. hypanicum was confirmed.
References
ALTSCHUL S.F., GISH W., MILLER W. et al. (1990). Basic Local Alignment Search Tool. J. Mol. Biol., 215: 403-410.
BILZ, M., KELL, S.P., MAXTED, N. et al. (2011). European Red List of Vascular Plants. Luxembourg: Publications Office of the European Union. 130 р.
BYUN Y., HAN K. (2009). PseudoViewer3: generating planar drawings of large-scale RNA structures with pseudoknots. Bioinformatics, 25: 1435-1437.
CHERVONA knyga Ukrainy. Roslynnyi svit (2009). Kyiv: Globalkonsaltyng: 900 р. [ЧЕРВОНА книга України. Рослинний світ. (2009). Київ: Глобалконсалтинг: 900 с.]
CHERVONA knyga Ukrainy. Roslynnyi svit (1996). Kyiv: Ukrainska entsyklopedia: 608 р. [ЧЕРВОНА книга України. Рослинний світ. (1996). Київ: Українська енциклопедія: 608 с.]
COLEMAN W.A. (2009). Is there a molecular key to the level of ‘‘biological species” in eukaryotes? A DNA guide. Molecular Phylogenetics and Evolution, 50: 197-203.
COLEMAN W.A. (2007). Pan-eukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure. Nucleic Acid Research, 53 (10): 3322-3329.
COLEMAN W.A. (2003). The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequense. Protist, 151: 1-9.
GOTTSCHLING M., PLÖTNER J. (2004). Secondary structure models of the nuclear internal transcribed spacer regions and 5.8S rRNA in Calcioidinelloideae (Peridiniaceae) and other dinoflagellates. Nucleic Acids Res., 32 (1): 307-315.
EUROPEAN Red List of globally threatened animals and plants and recommendations on its application as adopted by the Economic Commission for Europe at its forty-sixth session (1991). New York: United Nations. 154 p.
FEDORONCHUK M.M. (1997). Ukr. botan. zhurn., 54 (6): 557-564. [ФЕДОРОНЧУК М.М. (1997). Silene L. sensu lato в Україні: огляд роду Silene sensu stricto (Caryophyllaceae). Укр. ботан. журн., 54 (6): 557-564.]
FEDORONCHUK M.M., DIDUKH YA. P. et al. Ekoflora Ukrainy. 3. К.: Phytosociocentr: 496 р. [ФЕДОРОНЧУК М.М., ДІДУХ Я.П. та ін. (2002). Екофлора України. 3. К.: Фітосоціоцентр: 496 с.]
FLORA Vostochnoy Yevropy (2004). Moskva – Sankt-Peterburg: Tovaryshchestvo nauchnych izdanii KMK. [ФЛОРА Восточной Европы (2004). Москва – Санкт-Петербург: Товарищество научных изданий КМК. 11: 536 c.]
FLORA of Turkey and the East Aegean Islands (1967). Vol. 2. Edinburg: Edinburgh University Press: 581. FLORA SSSR (1936). Moskva-Leningrad: Izd. AN SSSR. 6: 956 с. [ФЛОРА СССР (1936). Москва–Ленинград: Изд. АН СССР. 6: 956 с.]
FLORA URSR (1952). Kyiv: Vyd-vo AN URCR. 4: 689 с. [ФЛОРА УРСР (1952). Київ: Вид-во АН УРСР. 4: 689 с.]
FRAJMAN В., HEIDARI N., OXELMAN B. (2009). Phylogenetic relationships of Atocion and Viscaria (Sileneae, Caryophyllaceae) inferred from chloroplast, nuclear ribosomal, and low-copy gene DNA sequences. Taxon, 58 (3): 811-824.
HALL T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence elignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Res., 41: 95-98.
KLOKOV M.V. (1948). Botan. zhurn., 5 (1): 20-28. [КЛОКОВ М.В. (1948). Нові матеріали до пізнання Української флори. Нові види з родин гвоздичних, гречкових і хрестоцвітих. Ботан. журн., 5 (1): 20-28]
MOSYAKIN S.L., FEDORONCHUK M.M. (1999). Vascular plants of Ukraine. A nomenclatural checklist. Kiev. 345 p.
OPREDELITEL vysshyh rasteniy Ukrainy (1987). Кiev: Naukova dumka: 548 р. [ОПРЕДЕЛИТЕЛЬ высших растений Украины (1987). Киев: Наукова думка: 548 с.]
TARIEIEV A.S., GIRIN A.S., KARPENKO et al. (2011). Chornomors’k. bot. z., 7 (4): 309-317. [ТАРЄЄВ А.С., ГІРІН А.С., КАРПЕНКО Н.І. та ін. (2011). Модифікована методика виділення ДНК з гербарних зразків. Чорноморськ. бот. ж., 7 (4): 309-317]
TUTIN, T.G., HEYWOOD, V.H., BURGES, N.A. et al. (1993). Flora Europea. 2nd ed. 1. Cambridge: Cambridge University Press. 585 p.
TZVELEV N.N. (2001). Novosti sistematiki vyssh. rast., 33: 90-113. [ЦВЕЛЕВ Н.Н. (2001). О родах трибы Смолевковых (Sileneae DC., Caryophyllaceae) в Восточной Европе. Новости систематики высш.раст., 33: 90-113]
WHITE T. J., BRUNS T., LEE S., TAYLOR J. W. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press, Inc., New York: 315-322.
ZUKER M. (2003). Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Research., 31 (13): 3406-3415.
