Centaurea breviceps Iljin (Asteraceae, Magnoliophyta): неотип та його анотація за вторинною структурою послідовностей ITS1 та ITS2
DOI:
https://doi.org/10.14255/2308-9628/14.103/1Ключові слова:
Pseudophalolepis, Centaurea breviceps, неотип, ендемічний вид, вторинна структура ITS1 та ITS2, Україна.Анотація
На основі матеріалу з locus classicus обрано неотип для ендемічного виду Centaurea breviceps Iljin (секція Pseudophalolepis), поширеного на півдні України. За первинною і вторинною структурами анотовано послідовності транскриптів ITS1 та ITS2 кластеру ядерних рРНК-кодуючих генів. Показано, що C. breviceps відрізняється від усіх раніше секвенованих видів із секцій Acrolophus, Maculosae, Phalolepis та Pseudophalolepis унікальною заміною (С > T, сайт 41) у першій спіралі ITS2. В межах цієї групи секцій C. breviceps належить до риботипу «А», який представлений диплоїдними та автополіплоїдними видами і не містить аллополіплоїдів. C. breviceps відрізняється від трьох секвенованих видів секції Pseudophalolepis (C. pseudoleucolepis, C. protogerberi та C. donetzica) вторинною структурою другої спіралі ITS1 та першої спіралі ITS2.
Посилання
AMATO A., KOOISTRA W.H.C.F., GHIRON J.H.L., MANN D.G., PROESCHOLD T., MONTRESOR M. (2007). Reproductive isolation among sympatric cryptic species in marine diatoms. Protist., 158: 193-207.
BYUN YA., KYUNGSOOK H. (2006). PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures. Nucl. Acids Res., 1 (34): 416-422.
CHASSOT P., NEMOMISSA S., YUAN Y.-M., KUPHER P. (2001). High paraphyly of Swertia L. (Gentianaceae) in the Gentianella-lineage as revealed by nuclear and chloroplast DNA sequence variation. Plant Syst. and Evol., 229: 1-21.
CHEREPANOV S.K. (1995). Sosudistyie rasteniia Rossii i sopredelnyh gosudarstv. SPb. 990 p. [ЧЕРЕПАНОВ С.К. (1995). Сосудистые растения России и сопредельных государств. СПб. 990 c.]
CHERVONA knyga Ukrainy. Roslynnyi Svit (2009). K.: Globalconsaltyng. 900 p. [ЧЕРВОНА книга України. Рослинний світ (2009). / за ред. ДІДУХА Я.П. К.: Глобалконсалтинг. 900 с.]
COLEMAN A. (2000). The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence. Protist., 151: 1-9.
COLEMAN A.W. (2003). ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons. Trends Genet., 19 (7): 370-375.
COLEMAN A.W. (2007). Pan-eukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure. Nucl. Acids Res., 35 (10): 3322-3329.
COLEMAN A.W. (2009). Is there a molecular key to the level of ‘‘biological species” in eukaryotes? A DNA guide. Mol. Phylogenet. Evol., 50: 197-203.
COLEMAN A.W., MAI J.C. (1997). Ribosomal DNA ITS-1 and ITS-2 sequence comparisons as a tool for predicting genetic relatedness. J. Mol. Evol., 45: 168-177.
COLEMAN A.W., PREPARATA R.M., MEHROTRA B., MAI J.C. (1998). Derivation of the secondary structure of the ITS-1 transcript in Volvocales and its taxonomic correlations. Protist., 149: 135-146.
DIRK C. ALBACHA, MARK W. CHASE (2004). Incongruence in Veroniceae (Plantaginaceae): evidence from two plastid and a nuclear ribosomal DNA region. Mol. Phylogenet. Evol., 32: 183-197.
DOBROCHAIEVA D.M. (1965). Flora of Ukraininan SSR.,. 12: 37-165. [ДОБРОЧАЄВА Д.М. (1965). Рід Волошка – Centaurea L. Флора УРСР, 12: 37-165]
DOSTÁL J. (1976). Centaurea L. In: TUTIN T.G., HEYWOOD V.H., BURGESN.A., VALENTINE D.H., WALTERS S.M. & WEBB D.A. (eds.). Flora Europaea., 4: 254-301.
DOYLE J.J., DOYLE J.L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.
FANTACCIONE S., WOODROW P., PONTECORVO G. (2008). Molecular authentication of three Italian melon accessions by ARMS-PCR and ITS1 (internal transcribed spacer 1) secondary structure prediction. Bioinformation, 2 (7): 311-315.
GARCIA-JACAS N., UYSAL T., ROMASHCHENKO K., SUAREZ-SANTIAGO V.N., ERTUGRUL K., SUSANNA A. (2006). Centaurea revisited: A molecular survey of the Jacea group. Ann. Bot., 98 (4): 741-753.
GLOBAL compositae cheklist // http://compositae.landcareresearch.co.nz
GOTTSCHLING M., HILGER H.H., WOLF M., DIANE N. (2001). Secondary Structure of the ITS1 transcript and its application in a reconstruction of the phylogeny of Boraginales. Plant biol., 3: 629-636.
GOTTSCHLING M., PLOTNER J. (2004). Secondary structure models of the nuclear internal transcribed spacer regions and 5.8S rRNA in Calciodinelloideae (Peridiniaceae) and other dinoflagellates. Nucl. Acids Res., 32 (1): 307-315.
HŘIBOVÁ E., ČÍŽKOVÁ J., CHRISTELOVÁ P., TAUDIEN S., DE LANGHE E., DOLEŽEL J. (2011). The ITS1-5.8S-ITS2 sequence region in the musaceae: structure, diversity and use in molecular phylogeny. Plos one., 6 (3): 17863.
ILJIN M.M. (1927). News of the Main Botanical Garden., 36 (1): 31-38. [ИЛЬИН М.М. (1927). Секция Phalolepis Cass. рода Centaurea в пределах Европейской части СССР. Известия Главного ботанического сада, 36 (1): 31-38]
KLOKOV M.V. (1935). Works of Botany Institute, Kharkiv state university. 1: 78-105. [KЛОКОВ М.В. (1935). Аналіз групи перлових волошок (Centaurea margaritacea Ten. sensu amplo). Тр. Ін-ту ботан.Харк. держ. ун-ту, 1: 78-105]
KLOKOV M.V. (1962). Flora of USSR., 28: 538-564. [KЛОКОВ М.В. (1962). Подрод Phalolepis (Cass.) Dobrocz. / Род Василек – Centaurea L. Флора СССР, 28: 538-564]
KOETSCHAN C., FÖRSTER F., KELLER A., SCHLEICHER T., RUDERISCH B., SCHWARZ R., MÜLLER T., WOLF M., SCHULTZ J. (2010). The ITS2 Database III – sequences and structures for phylogeny. Nucl. Acids Res., 38: 1093.
LEDEBOUR C.F. (1845). Flora Rossica., Stuttgartiae. 2 (2). Part. 6: 685-712.
LIAKH O.A., KISH R.YA., KARPENKO N.I., KOSTIKOV I.YU. (2013). Chornomors’k. bot. z., 9 (4): 497-506. [ЛЯХ О.А., КІШ Р.Я., КАРПЕНКО Н.І., КОСТІКОВ І.Ю. (2013). Swertia alpestris Baumg. ex Fuss з околиць г. Драгобрат та її схожість зі Swertia perennis L. за результатами аналізу вторинної структури ядерної послідовності ITS2. Чорноморськ. бот. ж., 9 (4): 497-506]
LIU, J.-S., SCHARDL, C.L. (1994). A conserved sequence in internal transcribed spacer 1 of plant nuclear rRNA genes. Plant Mol. Biol., 26: 775-778.
MAI J.C., COLEMAN A.W. (1997). The internal transcribed spacer 2 exhibits a common secondary structure in green algae and flowering plants. J. Mol. Evol., 44: 258-271.
MAYOL M., ROSSELLO J.A. (2001). Why nuclear ribosomal DNA spacers (ITS) tell different stories in Quercus. Mol. Phylogenet.Evol., 19 (2): 167-176.
MOSYAKIN S.L., FEDORONCHUK M.M. (1999). Vascular plants of Ukraine. A nomenclatural checklist. K. 346 p.
MRÁZ P., GARCIA-JACAS N., GEX-FABRY E., SUSANNA A., BARRES L., MÜLLER-SCHÄRER H. (2012). Allopolyploid origin of highly invasive Centaurea stoebe s.l. (Asteraceae). Mol. Phylogenet. Evol., 62 (2): 612-623.
MULLER, T., PHILIPPI, N., DANDEKAR, T., SCHULTZ, J., WOLF, M. (2007). Distinguishing species. RNA. 13: 1469- 1472.
PACZOSKI J.K. (1904). Zap. Novoros. о-vа iestestvoispytatelei, 26: 9-159. [ПАЧОСЬКИЙ И.К. (1904). Очерк растительности Днепровского уезда Таврической губернии. Зап. Новорос. о-ва естествоиспытателей, 26: 9-159]
PACZOSKI J.К. (1922). News of State Steppe Reserve Askaniia-Nova., 1: 1-146. [ПАЧОСЬКИЙ И.К. (1922). По пескам Днепровского уезда. Изв. гос. степ. заповедн. Аскания-Нова.,1: 1-146].
RUHL M.W., WOLF M., JENKINS T.M. (2009). Compensatory base changes illuminate morphologically difficult taxonomy. Mol. Phylogenet. Evol., 7: 1-6.
SHMALGAUSEN I.F. Flora of Middle and South Russia, Crimea and North Caucasus. (1897). K.: Тip. Т-vа pech. dela i torg. I.N. Кushnerev i Ко v Моskve, Кiievsk. otd-niie. 2: 752. [ШМАЛЬГАУЗЕН И.Ф. Флора Средней и Южной России, Крыма и Северного Кавказа. (1897). К.: Тип. Т-ва печ. дела и торг. И.Н. Кушнерев и Ко в Москве, Киевск. отд-ние. 2: 752]
SHYYAN N.M., MOSYAKIN S.L., FEDORONCHUK M.M. (2010). Ukr. botan. zhurn., 67 (6): 818-831. [ШИЯН Н.М., МОСЯКІН С.Л., ФЕДОРОНЧУК М.М. (2010). Типіфікація таксонів Asteraceae Флори України: рід Centaurea L. Укр. ботан. журн., 67 (6): 818-831]
SUÁREZ-SANTIAGO V.N., SALINAS M.J., GARCIA-JACAS N., SOLTIS P.S., SOLTIS D.E., G. BLANCA. (2007). Reticulate evolution in the Acrolophus subgroup (Centaurea L., Compositae) from the western
Mediterranean: Origin and diversification of section Willkommia Blanca. Mol. Phylogenet.Evol., 43: 156-172.
TARIEIEV A.S, GIRIN A.S., KARPENKO N.I., TYSHENKO O.V., KOSTIKOV I.YU. (2011). Chornomors’k. bot. z., 7 (4): 309-317. [ТАРЄЄВ А.С., ГІРІН А.С., КАРПЕНКО Н.І., ТИЩЕНКО О.В., КОСТІКОВ І.Ю. (2011). Модифікована методика виділення ДНК з гербарних зразків. Чорноморськ. бот. ж., 7 (4): 309-317]
WHITE T.J., BRUNS T., LEE S., TAYLOR J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. IN: INNIS M., GELFAND D., SNINSKY J. & WHITE T. (EDITORS): PCR protocols: a guide to methods and applications. – Academic Press, San Diego, CA. (1990): 315-322.
ZUKER M. (2003). Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucl. Acids Res., 31: 3406-3415.
