Модифікована методика виділення ДНК з гербарних зразків
Ключові слова:
гербарні зразки, виділення ДНК, модифікація методики.Анотація
Запропоновано модифікацію методики виділення ДНК з гербарного матеріалу покритонасінних та голонасінних рослин на основі СТАБ-методу. Три варіанти методики апробовані на прикладі 29-ти зразків гербаріїв KW та KWU. Визначення оптимального варіанту проведено шляхом візуальної оцінки отримання ДНК-вмісної пелети, ампліконів очікуваної довжини двох нуклеотидних послідовностей (ядерна послідовність ITS та послідовність пластидного гену rbcL) та секвенуванням ампліконів з подальшим порівнянням результатів з іншими послідовностями, депонованими у GenBank. За результатами апробації визначено оптимальний варіант методики виділення ДНК з гербарного матеріалу для рослинних об'єктів різних таксономічних груп.
Посилання
КУЗНЕЦОВА С.Ю., ЩЕРБАКОВА Т.А., ГРАЧЕВ М.А. Новый метод выделения ДНК из диатомовых водорослей, основанный на растворимости комплекса ЦТАБ-ДНК в этаноле // Тезисы международного симпозиума «Живые клетки диатомей», посвященного 100-летию со дня рождения А.П. Скабичевского. – 2004. – С. 56-57.
COTA-SANCHEZ H.J., REMARCHUK K., UBAYASENA K. Ready-to-Use DNA extracted with a CTAB method adapted for herbarium specimens and mucilaginous plant tissue // Plant Molecular Biology Reporter. – 2006. – Vol. 24. – P. 161-167.
DOYLE J. J., DOYLE J. L. Isolation of plant DNA from fresh tissue // Focus. – 1990. – Vol. 12. – Р. 13-15.
GOES-NETO A., LOGUERCIO-LEITE C., GUERRERO R.T. DNA extraction from frozen field collected and dehydrated herbarium fungal basidiomata: performance of SDS and CTAB-based methods // Biotemas. – 2005. – Vol. 18, N 2. – P. 19-32.
KRESS W. J., ERICKSON D. L. A Two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region // PLoS ONE. – 2007. – Issue 6. – P. 1-10.
LISTER D.L., BOWER M.A., HOWER CH.J., JONES M.K. Extraction and amplification of nuclear DNA from herbarium specimens of emmer wheat: a method for assessing DNA preservation by maximum amplicon length recovery // Taxon. – 2008. – Vol. 57, N 1. – P. 254-258
MOLECULAR Systematics / edited by D. M. Hillis, C. Mortiz, B. K. Mable., 2-nd ed. – 1996. – 665 p.
MOSYAKIN S.L., FEDORONCHUK M.M. Vascular plants of Ukraine. A nomenclatural checklist. – Kiev, 1999. – 345 p.
ROGERS S.O., BENDICH A.J. Extraction of DNA from milligram amounts of fresh, herbarium, and mummified plant tissues // Plant Molecular Biology. – 1985. – Vol. 5. – P. 69-76.
SAVOLAINEN V., CUÉNOUD P., SPICHIGER R., MARTINEZ MARIA D.P., CRÈVECOEUR M., MANEN J.-F. The use of herbarium specimens in DNA phylogenetics: evaluation and improvement // Plant systematics and evolution. – 1995. – Vol. 197. – P. 87-98.
SOLTIS E.D., SOLTIS.P.S. Contributions of plant molecular systematics to studies of molecular evolution // Plant Molecular Biology. – 2000. – Vol. 42. – P. 45-75.
TAKAIVA, F., OONO K., SUGIURA M. Nucleotide sequence of the 17–25s spacer region from rice rDNA // Plant Molecular Biology. – 1985. – Vol. 4. – P. 355-364.
WANG, X.-Q., LI Z.-Y. The application of sequence analysis of rDNA fragment to the systematic study of the subfamily Cyrtandroideae (Gesneriaceae) // Acta Phytotaxonomica Sinica. – 1998. – Vol. 36. – P. 97-105.
